В 2008 г. был принят документ «Основы учения Русской Православной Церкви о достоинстве, свободе и правах человека», в котором сформулирована важность церковной миссии по защите достоинства и прав человека, находящегося в условиях лишения свободы. По благословению епархиальных архиереев в состав региональных Общественных наблюдательных комиссий по осуществлению общественного контроля за обеспечением прав человека в местах принудительного содержания в установленном порядке включаются священнослужители. По итогам 2023 года в 63 субъектах Российской Федерации в состав региональных Общественных наблюдательных комиссий включены 94 православных священнослужителя.
В епархиях по инициативе Синодального отдела проводятся общеепархиальные просветительские проекты и акции, проводимые одновременно во всех исправительных учреждениях региона – региональные этапы Конкурса православной иконописи осужденных «Канон» и Конкурса православной живописи осужденных «Явление», акции «День милосердия», «Неделя молитвы», «Рождественская елка» для детей осужденных, детей сотрудников УИС и детей тюремных священнослужителей.
Силами епархиальных тюремных отделов проводятся мероприятия, призванные поддержать социальные навыки осужденных во время пребывания в местах лишения свободы — действуют воскресные школы, катехизаторские и библейские курсы, кружки иконописи, церковного пения и колокольного звона, проводятся региональные поэтические и другие конкурсы, культурно-просветительские и спортивные мероприятия, спектакли, концерты, просмотр фильмов, встречи, беседы, соревнования. Совершаются торжественные общественные богослужения с участием как заключенных, так и сотрудников ФСИН России, в том числе архиерейские богослужения, крестные ходы, принесение святынь, закладка и освящение храмов и поклонных крестов. Осужденные участвуют в строительстве и благоукрашении храмов, изготавливают предметы интерьера. Формируются библиотеки религиозной литературы при тюремных храмах, а также видео- и аудиотеки.
Большое внимание уделяется работе с письмами, которые поступают как в Московскую Патриархию, так и в епархии, а также в храмы, при которых действуют группы переписки. Заключенные и их родственники обращаются с разнообразными запросами о духовной, материальной и правовой помощи.